中国远征军和通淖尔之败，由于胤礻真对岳钟琪以十五天的时间征服青海的印象太深刻了，认为准噶尔汗国也是那样脆弱。而他任用的满族人总司令傅尔丹，却是一个庸才，对敌人毫无所知，所以才陷入
极其幼稚的诱敌之计，虽然有光显寺的大捷，也只能稳定情势，不能恢复战力。但对准噶尔汗国而言，光显寺战役却是一个意外沉重的创伤，从此再没有力量进攻。这时候策零可汗提议和解了，胤礻真也放弃强硬立场，表示接受。一七三四年，胤礻真派部长级官员（尚书）傅鼐前往准噶尔汗国首都伊犁（新疆伊宁），跟准噶尔划定疆界，以阿尔泰山为界碑，互相通商，清政府并允许准噶尔可汗可以随时前往西藏朝拜dá_lài（煎茶）。
这是清、准间唯一的一次和解，维持二十五年。
在不能消灭对方的情形下，长期战争会使自己血枯力竭而死，和解是明智的。但和解建立在双方同等强大的基础上，一旦一方过度衰弱，尤其没有第三者的力量平衡时，和解就会化为乌有。准噶尔汗国在和解后不久，便发生内乱。一七四五年，策零可汗逝世。嫡子那木札尔继位，他是准噶尔汗国第一位暴君，一七五○年，当他要杀他的庶兄达札尔时，达札尔反而把他杀掉，自己坐上宝座。可是达札尔更糟，一七五四年，他又被贵族大策零（奇袭西藏的那位名将）的孙儿达瓦齐杀掉，由达瓦齐继位可汗。不过达瓦齐还不如达札尔，他刚掌握大权就翻脸要杀帮助他取得大权的好友阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳是四卫拉特之一的辉特部（蒙古西北角）的酋长，他遂逃到中国。
清皇帝弘历（胤礻真的儿子）亲自接见阿睦尔撒纳，用蒙古话交谈，封他为王爵，又送给他骏马之类的名贵礼物，又请他参加在热河原野（河北省最北部）举行的狩猎，用盛大的场面欢迎他。大臣们对弘历如此优待一个流亡政客，大大的不以为然，但不久就发现其中原因，简单的很，清跟准噶尔汗国冲突八十余年，而清对准噶尔汗国内部，无论政治情势和地理环境，都不了解，所以始终束手无策，如今平空得到向导，当然喜出望外。
阿睦尔撒纳投降的明年（一七五五），清政府叛盟，两路大军同时向准噶尔汗国进攻。北路军总司令（定北将军）班第、副总司令（定边左将军）阿睦尔撒纳，由外蒙古乌里雅苏台出发；西路军总司令（定西将军）永常、副总司令（定边右将军）萨拉尔，由巴里坤（新疆巴里坤）出发。准噶尔汗国经过十余年的自相残杀，人心早已离散，加上阿睦尔撒纳号召他们不要抵抗，所以准噶尔军队纷纷放下武器，人民夹道欢迎。中国两路大军没有经过战斗，就轻易地占领了首都伊犁（新疆伊宁），达瓦齐跟逃亡了三十一年之久的罗卜藏丹津，一同被俘。
一直到这时候，中国并没有并吞准噶尔汗国的意思，只是想分而治之，使它的力量削弱，不再侵略中国。所以清政府下令恢复上世纪（十七）四卫拉特的原状，使他们仍保持四个独立的部落，互不统属，个别的作为中国的外藩，像外蒙古合并前的喀尔喀分为三个独立的部一样。于是皇帝弘历一口气加封了四部的四个可汗，并邀请这批新贵到遥远的东方热河（河北承德），由弘历接见，参加盛大的宴会。
对阿睦尔撒纳，清政府加封他为双亲王，以酬庸他的贡献。但阿睦尔撒纳有他更大的野心，他引导中国军队颠覆他祖国的目的，只在借。杀人，借中国的。杀他的政敌。他并不希望祖国分裂，所以他坚持仍维持汗国的体制，而由他当可汗。他这种想法跟中国的基本政策恰恰相反，清政府当然不能接受。阿睦尔撒纳在大失所望后，决心叛离中国，他了解中国在这次远征中所以迅速成功，有赖于他政治号召的力量，他估计这力量足可以把中国驱逐出境。于是，在占领伊犁（新疆伊宁）的明年（一七五六），阿睦尔撒纳宣布独立，那些刚接受清政府加封的四部可汗，也加入这个新兴汗国的行列。中国远征军果然一败再败，准噶尔汗国的土地几乎全部光复。这使皇帝弘历大失面子，认为准噶尔人是不能用仁义感化的野蛮民族，必须严厉惩罚。
第二年（一七五七），弘历重新组成远征军，北路蒙古兵团由蒙古人成衮札布当总司令（定边左副将军）；西路满洲兵团由满族人兆惠当总司令（定边右副将军），发动夹攻，恰恰这时候可怕的恶运抓了准噶尔，天花忽然流行，准噶尔战士相继死亡，军队自行瓦解。当中国远征军进逼伊犁（新疆伊宁）时，阿睦尔撒纳束手无策，只好逃到哈萨克王国，再逃到俄国，他也染上了天花，一病而死。在中国坚决的要求下，俄国把他的尸体运到外蒙古的撬图城（蒙古阿勒坦布拉格），交还中国。
准噶尔汗国虽然覆亡，阿睦尔撒纳虽然死掉，未死于天花