元狩四年（公元前一百一十九年），汉武帝派张骞再度出使西域，欲招引乌孙回河西故地，与西汉共同对付匈奴，仍未达到目的，但张骞派出的各位副使，访问了大宛、康居、大月氏、安息、大夏等国，这些国家与乌孙都派出使者入汉答谢，使西汉与西域诸国的联系更加密切。
从此，西汉同西域的交通频繁起来，西汉王朝每年派到西域去的使臣，多则十几批，少则五、六批，每批数百人到百余人不等，这些使臣既担负着政治使命，同时也携带着许多西汉物产，与西域诸国进行经济交流，西汉以丝织品为代表的商品源源不断输往西域，西域诸国也经常遣使入汉，匈奴统治者极不情愿看到西汉政府和西域各国之间联系的加强，他们或派出军队，或利用他们所控制的一些西域国家，劫掠汉使，遮断道路，竭力破坏汉与西域的联系，为了确保西域通道，西汉政府在西域地区进行了一系列的战争。
西域都护府的历史意义：
一、使西域诸国摆脱了匈奴的残酷统治，转向生产技术先进，经济比较发达的汉王朝，从而加强了与内地经济、政治与文化的联系，这种联系无疑是有利于当地社会发展的，对于中国统一的多民族国家的形成和巩固，有着深远的影响。二、西域都护府的建立，使“汉之号令班西域矣”，标志着西域诸地自此成为我们统一多民族伟大国家的组成部分，它是先秦时期以后中原地区同西域地区长期经济文化关系发展的历史必然，自此天山南北各地进入中央王朝有序的管理之下，汉朝政府直接任免西域都护、以及专理西域屯田事务的戊己校尉等高级官员，册封当地首领，颁发印绶，让其管理地方日常事务，一九五三年，新和县一处古城遗址出土的一枚“汉归义羌长”的铜印就是当时汉朝授给羌人首领的官印，西域都护府组织和统领西域各地对匈奴侵袭的抗击，还在天山南北实行屯田，以减轻当地各民族的经济负担，解决驻军和来往使者商旅的食宿问题，莎车、车师和焉耆等地都是当时汉朝在西域的屯田中心，又修筑城堡，建立烽燧，进一步拓展丝绸之路，西域都护府这些政治、经济、军事措施密切了西域同中原地区的关系，增强了边疆各族人民对中央政府的向心力，西域各地政治经济和社会生活的变化进一步加快。
三、西域都护府这一管理形式以及相关政策，也因为有效地保证了西域各地民族关系的良性发展，而成为后代中央王朝统治者仿效的范例，如十六国后凉吕光在统一西域后，曾仿效汉代，设置西域大都护，行使主权，唐代，在边区各族先后统辖在一个政府下之后，也分别设置了都护府，唐东北有“安东都护府”；北边有“安北”、“单于”等都护府；西北有“安西”、“北庭”等都护府；西南有“保宁”、“支南”都护府；南边有安南都护府，这都借鉴于汉代，适应了中国统一的多民族国家进一步形成和巩固的需要，有着积极的历史作用。
唐代西域概况，唐代安西、北庭都护府，唐代初年，唐朝军队在消灭回纥、突厥势力时，向触角伸向西域，除高昌不服统治被消灭以外，西域各国均臣服唐朝政府，不久西域统治交由安西都护府及北庭都护府进行处理，在西域设立了完备的行政体系，将西域划归陇右道，并设立安西四镇作为西域地区的主要城市，唐玄宗开元年间曾设立碛西节度使，统辖安西、北庭两大都护府，自此新疆地区成为唐朝的一部分，安史之乱后，唐朝无力控制西域，西域再次出现半独立政权，直到元朝、明朝以及一七五九年清朝乾隆时期，中国再次控制了相当于西域的地区，并且于清朝后改名为新疆，从此新疆成为中国的行政区划之一。
元、明时期西域的情况，一二零六年，蒙古族杰出领袖铁木真建立蒙古汗国，被尊奉为“成吉思汗”（“拥有四海的君主”），不久成吉思汗率军进入新疆，把他征服的地方分封给次子察哈台，建立四大汗国之一的察哈台汗国，四大汗国中，元帝国即元朝居于宗主国地位，元朝皇帝被尊为“大汗”，与此同时，唐朝后期（九世纪中期）起从蒙古高原西迁到今天新疆地区的回鹘人的一支高昌回鹘，除了已经与当地原住民（属于白色人种）以及部分吐番人、契丹人融合，并于十世纪起改信伊斯兰教并译为“畏兀儿”之外，如今又吸收了蒙、汉、藏等民族成份，逐渐发展为近代维吾尔族，十四世纪初期，察哈台汗国开始分裂为东、西两部，东部包括喀什、吐鲁番一带，西部以撒马尔罕为中心，统治帕米尔高原以西地区，今天的新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下，明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下，明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（一五一四到一六七八年），直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭，所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权管辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。
元、明时期对西藏的管辖，众所周知，元朝设置宣政院管理西藏地区军政要务，这是西藏正式纳入我国版图的开始，元朝还在西藏直接建立地方军政机构，名为“宣慰使司都元帅府”，隶属于宣政院，并驻有军队，进行人口调查，派遣繇役，征收赋税，明代称西藏为“乌斯藏”，洪武时，明朝在西